Hacia 1410/1420 hay que adscribir la torre campanario octogonal mudéjar, con excepción del cuerpo alto de campanas. Esta torre octogonal queda emplazada en el ángulo suroccidental de la iglesia de San Andrés, adosada al muro perimetral de la fábrica, al que se traba de manera que este muro perimetral funciona como un lado del octógono en su torre externa. 

En San Andrés un relieve de junquillo adosado a las aristas del octógono ha sustituido a los gruesos contrafuertes prismáticos de la torre de Santa María. También los elementos decorativos son diferentes. Aquí los vanos del primer campanario se han cerrado con celosías dándole un aire mucho más íntimo y recogido.

Las tres naves son de tres tramos y los tres ábsides son poligonales de siete lados, resolviéndose con doble clave el abovedamiento de los ábsides laterales y con una sola el central. 

A la derecha de la fachada occidental y adosada al muro de la nave sur, se eleva la torre mudéjar de planta cuadrada, cuya estructura es de una sola torre exterior, que envuelve un machón central totalmente macizo y también cuadrado, desarrollándose entre ambos la caja de escaleras, cuyo sistema de bovedillas se cierra por aproximación de hiladas de ladrillo.  En 1840 la torre perdió su cuerpo orifinal de campanas con motivo de la estacia en la ciudad de Calatayud de reina gobernadora, quien se alogjó en el frontero palacio del barón de Wersage. 

La iglesia tuvo en su lado sur un claustro mudéjar de planta cuadrada similar al de la colegiata del Santo Sepulcro. También cabe destacar el mueble del órgano, fruto de la carpintería mudéjar, conservado en el interior de la iglesia. 

La orden militar del Santo sepulcro de Jerusalen estableció su encomienda en Calatayud como consecuencia de la liquidación del testamento del rey Alfonso I, que había dejado el reino de Aragón en herencia a las órdenes militares. En 1156 se fundaba el templo y la casa del Santo Sepulcro en Calatayud. En el siglo XIV los canónigos del Santo Sepulcro serán grandes mecenas del arte mudéjar.

Las obras de la colegiata actual fueron terminadas por el arquitecto Gaspar de Villaverde, constituyendo un magnífico templo protobarroco de tradición herreriana. De destacarse la fábrica mudéjar del claustro que hoy en día se conserva en un estado ruinoso, manteniéndose en pie únicamente la mitad del mismo, el lado o panda adosado a la colegiata y parte de los dos lados contiguos. Se trataba de un claustro de planta cuadrada, con cinco tramos por cada lado o panda cubiertos con bóveda de crucería sencilla, por lo que al patio interior abren tres arcos apuntados separados por sólidos contrafuertes. Vemos como en algún lado se observan tramos con decoración original agramilada y pintada la cual el investigador Gonzalo Borrás relacionaba con el claustro de las canonesas del Santo Sepulcro de Zaragoza. 

Sobre el ala del claustro adosada al monasterio se superponen dos plantas más; la planta noble, con vanos en arco apuntado, en número de tres por cada arco de la planta interior , pertenece a la fábrica original mudéjar, pudiendo datarse, como se ha argumentado hacia 1370. La planta superior, que ya lleva vanos en arco de medio punto, se debe a una ampliación del siglo XVI. 

El arquitecto Mahoma Rami es un alarife joven y actual, conocedor de la decoración gótico-flamígera europea, la cual aplica puntualmente en sus obras. Concretamente, aquí la podemos observar en  la remodelación del viejo claustro, donde, como indica Agustín Sanmiguel. “Esto supondría un parcial derribo interior y sustitución de la cubierta primitiva” además de esta intervención, destaca el tímpano de la puerta de acceso a la antigua iglesia mudéjar, donde se observan las decoraciones de influencias gótico flamígeras que se vuelven en una constante en las intervenciones de este alarife.

La tipología de claustros mudéjares tiene continuidad. Sin embargo, a diferencia del resto de claustros, el de la Colegiata de Santa María es el doble de largo que de ancho (22×44) y su disposición se encuentra volteada unos 30 grados frente a la iglesia.

De planta cuadrangular, tiene nueve tramos cubiertos por bóveda de crucería simple en sus alas mayores y cinco tramos en las menores por las cuales queda adosada a la Colegiata. Cada tramo se encuentra abierto al interior del patio claustral por amplios arcos apuntados de la misma altura de las bóvedas del claustro, en un primer momento abiertos totalmente.

Se halla adosado por una de sus alas menores a la nave lateral del evangelio de la colegiata de Santa María de Calatayud a la altura del primer tramo de la cabecera de la nave. 

El sistema de contrarrestos se dispone a través de grandes contrafuertes de sección rectangular, reciben al interior del patio los empujes de los nervios diagonales de la bóveda, de los perpiaños que separan cada tramo, y de los arcos formeros que desempeñan función de entibe.

El material empleado es el ladrillo (o rejola). No suele presentarse a cara vista, se enluce y se pinta.

En relación con la Torre, se sitúa entre el claustro y el ábside, al que queda adosada.  Se trata de una torre de planta octogonal con contrafuertes en las esquinas. Al exterior está dividida en cinco cuerpos. Si nos basamos en su decoración, se distinguen dos etapas constructivas, la primera correspondiente a los dos primeros cuerpos y la segunda a los tres siguientes. A ello se suma el chapitel bulboso que remata esta torre monumental.

Al exterior, la torre se encuentra completamente decorada desde su base hasta el chapitel que la remata, la parte baja comparte motivos decorativos con el ábside al que se adosa.

Este ábside consta de dos cuerpos superpuestos de distintas etapas constructivas. El inferior es de planta poligonal, seguramente de siete lados, pero debido a que se encuentra semioculto no se puede determinar con exactitud.

Carece de contrafuertes, por ello se dispone un amplio ciclo decorativo en todas sus caras. Su decoración, al igual que la del primer cuerpo de la torre. En primer lugar abre una ventana cegada con función meramente decorativa. Cierran en arco ligeramente apuntado que más parece responder al arco apuntado islámico oriental que al gótico. El intradós está formado por un perfil a base de ladrillos aplantillados. A la misma altura abre también en cada uno de los paños visibles de la torre una ventana en arco apuntado a base de ladrillo aplantillado. De las cuatro, solamente una está abierta para proporcionar luz a la capilla del Santo Cristo que ocupa la estancia bajo la cúpula semiesférica.