Borja destaca por la estructura de su caserío y su numerosa arquitectura renacentista, que incluye algunos de los más valiosos ejemplos de Aragón.

Es muy interesante su legado mudéjar en el que destaca la excolegiata de Santa María, un templo del siglo XIV construido como iglesia de tipología fortaleza mudéjar de nave única -después reformada en estilo barroco y neoclásico- sobre un templo románico anterior. En el exterior presenta dos torres: la torre del reloj es románica en su cuerpo inferior y mudéjar en los siguientes.

La antigua iglesia de San Miguel, que actualmente alberga el museo arqueológico municipal, es también una construcción mudéjar de finales del siglo XIV sobre un primitivo templo románico. El edificio de nave única y techumbre de madera- conserva interesantes elementos ornamentales en yeso tallado.

La Casa Museo Baltasar González fue construida a principios del siglo XV y tiene fachada de tapial enfoscada con yeso y arcos apuntados en las ventanas principales.

La Casa de la Estanca -a unos 8 km de Borja- es uno de los pocos ejemplos de arquitectura civil mudéjar del siglo XVI que queda en Aragón. El edificio, que cumplía las funciones de vivienda del encargado del control de las aguas y servía de torre vigía, llama la atención por su excelente estado de conservación y su integración en el paisaje, lo que lo define como un lugar único.

Actualmente alberga en su interior un magnífico conjunto de elementos interpretativos sobre las aves que habitan la estanca.

El legado mudéjar se observa también en los restos del Castillo de la Zuda -fortaleza de origen musulmán- y en la Casa de las Conchas -con decoración en yeso con entrelazos de tradición mudéjar-.