El proceso decorativo es complejo: sobre una previa capa de yeso que cubre toda la pared de ladrillo se realiza, con la técnica de agramilado (incisión con una herramienta llamada gramil) un trampantojo de ladrillo, posteriormente policromado.

El interior del templo se completa con la conservación de un alfarje, que a línea con el camino de ronda se presenta como un espacio de comunicación entre la zona litúrgica y la zona defensiva del edificio.
Se trata de una techumbre plana de vigas vistas del tipo viga-jaldeta que se ubica en el último tramo de la iglesia  Las vigas y las zapatas que componen su estructura tienen terminaciones de cabezas talladas mientras los motivos pictóricos, de diversos tonos, componen toda la iconografía clásica de tradición mudéjar aragonesa: motivos geométricos como circunferencias sueltas o apareadas, conteniendo estrellas de seis puntas, decoración de ataurique, flores estilizadas, rosetas y hexapétalas, motivos epigráficos  en árabe y castellano y múltiples elementos  heráldicos.

Que este edificio es uno de los más importantes del medievo queda atestiguado, finalmente, por los dos maestros de obras vinculados con la construcción: Mahoma Calahorri, cuya firma aparece en uno de los vanos ciegos de la cabecera, es el alarife de los canónigos del Santo Sepulcro y el maestro  principal.  Mahoma Rami está presente en el último tramo de la iglesia, bajo el mecenazgo del papa Benedicto XIII.

Un aspecto relevante de las iglesias fortaleza mudéjares es su ubicación. En el caso de la iglesia de la Virgen de Tobed, se puede deducir que fue construida en un lugar estratégico, no tanto con fines defensivos, sino más bien con el objetivo de influir en la memoria visual de la localidad. Su emplazamiento parece tener una finalidad propagandística, relacionada con la presencia y el poder, más que una estricta necesidad de defensa.

Para comprender plenamente la iglesia, es importante considerar ciertos aspectos. La decisión de construir una iglesia fortaleza en un lugar que no es ni defensivo ni estratégicamente relevante sugiere que no era necesaria una estructura de tipo militar en ese contexto. Esto lleva a la conclusión de que la iglesia no fue erigida con fines bélico-defensivos, sino que se construyó con un diseño funcional para transmitir una imagen de fuerza y resistencia, especialmente en relación con la amenaza de Castilla.

Finalmente, se observa una hibridación de dos propósitos: por un lado, el uso militar de defensa, reflejado en la estética del edificio y los elementos defensivos que lo acompañan, y, por otro, el uso litúrgico y religioso.

Este tipo de iglesia fortaleza, caracterizada por una estructura completamente racional en la que los sistemas de soporte y contrafuerza están resueltos de manera sólida y sencilla, es único en los monumentos mudéjares aragoneses.